Por volta de 1610 foi erguida a Igreja de Nossa Senhora das Neves, considerada Capela Curada da Freguesia. Já no século XVIII, foi construída a Igreja Nossa Senhora do Pilar, transformada em Matriz da Vila e localizada junto ao Porto do Pilar, embarcadouro responsável por receber e transportar para o Porto do Rio de Janeiro, na Praça XV, o ouro e as pedras preciosas provenientes de Minas Gerais. Esse carregamento chegava à região no lombo de burro, através do caminho novo. Dele ainda resta um trecho que liga Pilar a Xerém, rebatizada como Estrada Dona Tereza Cristina.

A região de Caxias era grande produtora de açúcar e cachaça. Chegou a dispor de 14 embarcadouros, inclusive no Rio Sarapuí, que dava acesso à residência de Dona Domitila Castro, a Marquesa de Santos, local hoje denominado Vila São José. Mas com o fim da escravidão, que provocou a derrocada da economia agrária, as terras foram abandonadas pelos colonizadores e só voltaram a ser ocupadas no meio do século XX. Com a chegada da estrada de ferro, em 1886, ligando a Estação de Meriti à cidade do Rio de Janeiro, os rios deixaram de ser utilizados, tendo como conseqüência o abandono da Baixada.

Com a falta de saneamento básico, a região só veio a ser abastecida de água em 1916. Cinco anos antes, inaugurou-se o prolongamento do trecho suburbano, interligado com Raiz da Serra. Apenas em 1924 instalou-se a primeira rede elétrica no município. A Fundação da cidade a Vila Meriti conquistou sua emancipação política como Duque de Caxias em 31 de dezembro de 1943. O nome foi em homenagem ao Marechal Luís Alves de Lima e Silva, nascido em 1803 na Fazenda São Paulo, hoje chamada Taquara.O Poder Executivo foi instalado oficialmente em primeiro de janeiro de 1944, quando o interventor federal Ernani do Amaral designou para responder pelo expediente da prefeitura o contabilista Homero Lara. Outras nove pessoas foram designadas posteriormente para o mesmo cargo.