O início do desbravamento do atual território dos municípios de Itaguaí, Seropédica e Paracambi data de meados do século XVII. Os jesuítas lançaram as bases da futura povoação em terras compreendidas entre os rios Tinguaçu e Itaguaí, para catequizar os índios da região. Posteriormente, os missionários verificaram que as terras da Fazenda de Santa Cruz, mais próximas do mar, melhor se prestavam para aldeamento, para lá se transferindo com os indígenas, onde ergueram um templo dedicado a São Francisco Xavier, inaugurados em 1729. Em 1818, a aldeia de Itaguaí foi elevada à categoria de vila, com a denominação de Vila de São Francisco Xavier de Itaguaí, cujo município foi desmembrado de territórios do Rio de Janeiro e de Angra dos Reis. O nome da região é originário da fazenda Seropédica do Bananal de Itaguaí, de propriedade de Luiz de Resende que, por volta do ano de 1875, chegou a produzir cerca de 50 mil casulos de bichos da seda por dia. Dotado de terras férteis, a região desfrutou, no século XIX, até 1880, de fortes atividades rurais e comerciais, exportando em grande escala cereais, café, farinha, açúcar e aguardente. Com a abolição da escravatura, houve considerável êxodo dos antigos escravos, ocasionando terrível crise econômica.Esse fato, aliado à falta de transporte e à insalubridade da região, fez com que desaparecessemas grandes plantações, périodicas ou permanentes. O abandono das terras provocou a obstrução dos rios que cortam quase toda a baixada do território municipal, alagando-a. Daí se originou o agravamento da malária, que reduziu a população local e paralisou por vários décadas o desenvolvimento econômica da região.
A passagem da antiga rodovia Rio-São Paulo pelo território do antigo distrito de Serópedica, a instalação da indústria têxtil no antigo distrito de Paracambi, aliadas às obras de saneamento da Baixada Fluminense, empreendida por Nilo Peçancha, que permitiram o aproveitamento de grandes áreas, possibilitaram ao município readiquirir sua antiga posição de prestígio. Em 1938, foram iniciadas, em Seropédica, as obras do Centro Nacional de Estudos e Pesquisas Agronômicas, onde hoje funciona a Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro – UFRRJ. Em 1945, moravam muitas pessoas no Horto Florestal de Seropédica, todos os funcionários do local, com suas famílias. Não existiam casas nem escolas nos quilômetros próximos. Em 1948, entretanto, a UFFRJ tranferiu seu campus para as margens da antiga rodovia Rio-São Paulo, hoje BR-465, iniciando-se o desenvolvimento urbano de Seropédica.
A universidade mantém, atualmente, vinte cursos de graduação, em Administração, Agronomia. Arquitetura e Urbanismo. Ciências Biológicas, Ciências Econômicas, Economia Doméstica, Engenharia Agrícola, Engenharia de Agrimensura, Engenharia de Alimentos, Engenharia Florestal, Engenharia Química, Geologia, Licenciatura em Ciências Agrícolas, Licenciatura em Educação Física, Licenciatura em História, Matemática, Medicina Veterinária, Química e Zootecnia. Promove, também, cursos de pós-graduação stricto sensu em Biologia Animal, Agronomia, Ciência do Solo, Ciênciae Tecnologia dos Alimentos, Ciências Ambientais e Florestais, Desenvolvimento Agrícola, Fitotecnia, Microbiologia Veterinária, Medicina Veterinária, Parasitologia Veterinária, Patologia Animal e Zootecnia. Além de outros dez cursos de pós-graduações lato sensu.

A região permaneceu sem expressão até três décadas atrás, tendo em vista as dificuldades de acesso, pois só sera servido por uma linha férrea, com pouca movimentação de trens, sendo ligado ao município do Rio de Janeiro por uma estrada não pavimentada. A abertura da rodovia Rio-Santos mudou o cenário, facilitando o deslocamento entre diversos municípios próximos. Em 1995, face a edição da Lei n.º 2.446 de 12 de outubro, Seropédica tornou-se município independente de Itaguaí, e foi instalado em 01 de janeiro de 1997. seu nome advém de um neologismo formado por duas palavras: uma, de origem latina, sericeo ou serico, que significa seda, e outra, grega, pais ou paidós, que significa tratar ou consertar. Um local, portanto, onde se trata ou frabrica seda. O perfil atual, devido a grande extensões de terras municipais pertencerem à União é o de uma extensão da cidade universitária